Данная инструкция проверена на Debian 7 и Ubuntu 12.04

Установка сервера

Качать нужно jar версию сервера:

mkdir /home/minecraft
cd /home/minecraft
wget на файл игры.jar

Установка Java

Сервер работает при установке OpenJDK (на тестовый сервер при написании статьи ставилась именно OpenJDK версия.

OpenJDK

Здесь все просто, достаточно выполнить одну команду:

apt-get install openjdk-7-jre
 Запуск Minecraft сервера 
cd /home/minecraft
java -Xms1G -Xmx1G -jar minecraft_server.1.5.2.jar nogui 

где
-Xms1G — минимальной значение выделенной оперативной памяти
-Xmx1G — максимальное значение выделенной оперативной памяти

Скрипты для запуска и остановки сервера

Для того чтобы сервер продолжал работать после того как вы его запустите, запускайте его в screen. Для этого его надо сначала установить:

apt-get install screen

Теперь для запуска используйте команду:

cd /home/minecraft && /usr/bin/screen -dmS minecraft /usr/bin/java -Xms1024M -Xmx1024M -jar /home/minecraft/minecraft_server.1.6.2.jar -nogui

Для сохранения изменений в мире:

/usr/bin/screen -p 0 -S minecraft -X eval 'stuff "/save-all"\015'

Для остановки сервера:

/usr/bin/screen -p 0 -S minecraft -X eval 'stuff "/stop"\015'