Встала необходимость отреверсить PHP скрипт с закрытыми исходниками, а стандартных средств в поставе PHP не обнаружил. Вспомнил, что есть спецовый экстеншен xdebug (помню его потому, что когда-то стащил из их кода интересный хак Zend engine). Ставим его:

apt-get install php5-xdebug

Смотрим, какие у модуля имеются настройки:

php -i | grep xdebug -i
/etc/php5/cli/conf.d/xdebug.ini,
with Xdebug v2.0.3, Copyright (c) 2002-2007, by Derick Rethans
xdebug
xdebug support => enabled
xdebug.auto_trace => Off => Off
xdebug.collect_includes => On => On
xdebug.collect_params => 0 => 0
xdebug.collect_return => Off => Off
xdebug.collect_vars => Off => Off
xdebug.default_enable => On => On
xdebug.dump.COOKIE => no value => no value
xdebug.dump.ENV => no value => no value
xdebug.dump.FILES => no value => no value
xdebug.dump.GET => no value => no value
xdebug.dump.POST => no value => no value
xdebug.dump.REQUEST => no value => no value
xdebug.dump.SERVER => no value => no value
xdebug.dump.SESSION => no value => no value
xdebug.dump_globals => On => On
xdebug.dump_once => On => On
xdebug.dump_undefined => Off => Off
xdebug.extended_info => On => On
xdebug.idekey => nrg => no value
xdebug.manual_url => http://www.php.net => http://www.php.net
xdebug.max_nesting_level => 100 => 100
xdebug.profiler_aggregate => Off => Off
xdebug.profiler_append => Off => Off
xdebug.profiler_enable => Off => Off
xdebug.profiler_enable_trigger => Off => Off
xdebug.profiler_output_dir => /tmp => /tmp
xdebug.profiler_output_name => cachegrind.out.%p => cachegrind.out.%p
xdebug.remote_autostart => Off => Off
xdebug.remote_enable => Off => Off
xdebug.remote_handler => dbgp => dbgp
xdebug.remote_host => localhost => localhost
xdebug.remote_log => no value => no value
xdebug.remote_mode => req => req
xdebug.remote_port => 9000 => 9000
xdebug.show_exception_trace => Off => Off
xdebug.show_local_vars => Off => Off
xdebug.show_mem_delta => Off => Off
xdebug.trace_format => 0 => 0
xdebug.trace_options => 0 => 0
xdebug.trace_output_dir => /tmp => /tmp
xdebug.trace_output_name => trace.%c => trace.%c
xdebug.var_display_max_children => 128 => 128
xdebug.var_display_max_data => 512 => 512
xdebug.var_display_max_depth => 3 => 3

Теперь в файле /etc/php5/conf.d/xdebug.ini включаем максимальный уровень логгирования:

xdebug.auto_trace=1
xdebug.collect_params=1
xdebug.collect_return=1
xdebug.collect_vars=1
xdebug.dump.COOKIE=1
xdebug.dump.ENV=1
xdebug.dump.FILES=1
xdebug.dump.GET=1
xdebug.dump.POST=1
xdebug.dump.REQUEST=1
xdebug.dump.SERVER=1
xdebug.dump.SESSION=1
xdebug.dump_undefined=1

Либо, если требуется только профайлер делаем следующее ( включаем профайлер и активируем режим добавления логов без перезаписи ):

xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_append = 1

Теперь запускаем какой-либо скрипт командой php -f some_sript.php и ищем в /tmp файл с именем trace (у меня его звали: /tmp/trace.1422822570.xt), как раз в нем и будет весь трейс работы xdebug :)

Обращаю внимание, что xdebug имеет огромный оверхед на скорость. У меня было падение скорости с 50 запросов / секунду до 12.