События игры происходят после окончания Mortal Kombat: Armageddon. Поле битвы усеяно мёртвыми бойцами. На вершине пирамиды остались двое — Шао Кан и Рейден. Император побеждает Рейдена — он швыряет его в сторону, и у Рейдена разбивается медальон. Рейден успевает собрать осколки амулета и заложить в них заклинание, в то время как Шао Кан доставал молот, чтобы нанести финальный удар. Кан ставит Рейдэна на колени и замахивается молотом, но Рейден, завершив заклинание, посылает сообщение самому себе в прошлое: «Он должен победить!», прежде, чем молот Императора опускается на него. Сообщение успешно дошло до Рейдена в то время, когда начинался первый турнир (На нём появляются многие персонажи из всей трилогии и даже Куан Чи, что является ретконом). Получив его, Рейден оказывается в недоумении, потому что на медальоне появилась трещина. После этого вся сюжетная линия от начала первого турнира идет по совершенно иному пути. Пред Рейденом предстают видения, по которым он узнаёт, что произойдёт в будущем, и пытается изменить его.
Рэйден и Лю Кан вначале бы единственные бойцы кто участвовал ради спасения Земного Царства остальные бойцы были при своих целях.Скорпион хотел отомстить Саб-Зиро за смерть его семьи и клана,Соня Блейд хотела спасти Джакса которого захватил Шанг Цунг,Джонни Кейдж хотел всем доказать что он сам проделывает все трюки в его фильмах,а не его каскадёры.Соня отправляется на поиски Джакса,но её чуть не убил Кано,однако Джонни Кейдж спасает Соню.Соня находит Джакса в темнице Шанг Цунга,но Цунг пытался убить Соню,но Рэйден остановил Цунга. Но всё жё после как Кейдж побеждает в турнире Рептилию и Бараку,а Соня спасает Джакса,Рейден объясняет Соне,Джаксу и Кейджу для чего создан этот турнир и почему они обязаны победить.Позже к ним присоединяется Ночной Волк.На следующий день турнир продолжается и появляется Скорпион и требует у Шанг Цунга битвы с Саб-Зиро. В тот же момент у Рейдена появляется видение что Кунг Лао одетый в одного из слуг Шанг Цунга пробрался на турнир. Рейден находит Лао и уговаривает его вернутся в храм монахов,так как монахи выбрали Лю Кенга как кандидата в турнире.Но Лао говорит Рейдену что он ровня Лю Кенгу и вызывает на бой Скорпиона,Скорпион принимает вызов и побеждает Лао. Следующее видение Рэйдена о том как Скорпион побеждает Саб-Зиро и его душа в Нижнем Мире превращается в демоническую версию самой себя и с новым именем Нуб Сайбот. Рейден пытается не допустить этого и уговаривает Скорпиона не убивать Саб-Зиро,взамен Рейден попросит у Старших Богов оживить его семью и клан.Кроме Саб-Зиро на турнире присутствуют ещё два бойца из клана Лин-Куэй:Сектор и Сайракс. Всех троих нанял Шанг Цунг для личной охраны.Позже наконец Скорпион сражается с Саб-Зиро и побеждает последнего.Скорпион не стал убивать Саб-Зиро,но тут появляется Куан-Чи и заставляет убить Саб-Зиро,но Скорпион отказывается.Однако Куан-Чи на этом не остановился и показал Скорпиону ведение как Лин-Куэй и Саб-Зиро убивают клан и семью Скорпиона(Хотя на самом деле это не правда.Семью и клан Скорпиона уничтожил сам Куан-Чи в награду Саб-Зиро за выполненное задание)После увиденного Скорпион не сдерживается и убивает Саб-Зиро, сам Саб-Зиро успевает только сказать что это не он но Скорпион его уже не слушает.После этого Рейден пытается уговорить Сайракса встать на их сторону.Сам же Сайракс хоть и предан своему клану,но против того что лучших бойцов превращают в киборгов. Рейден объяснил что если Шанг Цунг победит в этом турнире то Земному Царству конец так же как и клану Лин-Куэй. Сайракс согласился встать на сторону Рэйдена .Шанг Цунг узнал что Сайракс перешёл на сторону Рэйдена и решил избавится от него,отправив Шиву и Бараку покончить с Сайраксом,однако Сайракс их одолел.Позже после разговора Сектора с Шанг Цунгом,Сайраксу дали ещё один шанс искупить предательство,однако он им не воспользовался. Сайракс должен был победить и убить Кейджа в следующем поединке, но тот пощадил Джонни.После Сектор абсолютно понял что Сайракс теперь на стороне Рэйдена и попытался отправить Сайракса на кибернатизацию, но Сайракс победил Сектора и покинул турнир так и не решив на чью сторону встать.Дальнейшая судьба Сектора неизвестна возможно он так-же покинул турнир.Тем же вечером Шанг Цунг представляет нового бойца турнира Ермака. Лю Кан единственный из Земного Царства кто не проиграл ещё не одного поединка, поэтому он единственная надежда на спасение Земли(Кейдж проиграл Сайраксу,Ночной Волк проиграл Скорпиону,так-же как и Кунг Лао,а Соня и Джакс в этом турнире не участвовали).Следующий поединок Ермак против Лю Кенга. Лю Кенг побеждает. Шанг Цунг поручает Китане убить Лю так как он представляет опасность,но Китана проигрывает,а сам Лю не убивает Китану и говорит что не против встретится с ней ещё раз,но уже в другой обстановке.В следующем бою Лю Канг выигрывает Куан-Чи и Скорпиона. Шанг Цунг объявляет что следующий бой предстоит с чемпионом девяти турниров подряд принцем Шоканов Горо. Однако и Горо не смог остановить великого Лю Канга и для победы Лю остался один бой. Шанг Цунг вызывает Лю Канга на поединок за титул чемпиона Смертельной Битвы. Лю Канг побеждает.Все бойцы Нижнего Мира возвращаются к Шао Кану,а Лю Канг получает титул нового чемпиона Смертельной Битвы.Однако амулет Рэйдена продолжает разрушаться.
Шао Кан решает убить Цзуна за провал на турнире, но маг предлагает новый план — устроить второй турнир, но уже во Внешнем Мире. Кан дарует Цзуну молодость, и тот атакует шаолиньский монастырь вместе с армией таркатанов — расы Бараки. Не видя другого выхода, Рейден и воины Земли принимают бой. Но и здесь всё идёт не так гладко. Воины Внешнего Мира пытаются покончить с Земными воинами вне турнира, что им отчасти удаётся. Ряды борцов Земли ослаблены, но турнир ещё не окончен. Рейден же всё размышляет над теми словами, «Он должен победить!», не зная, о ком они. Он решает выставить на последний бой Кун Лао, но после победы над Кинтаро, празднующий Лао гибнет от рук Императора. Лю Кан решает отомстить за своего друга и сражается с Шао Каном. Нанеся смертельный удар, Лю Кан побеждает в новом турнире и убивает Шао Кана. Но амулет Рейдена продолжает трескаться.
Тем временем выясняется, что Кан не убит. Он окончательно усомнился в лояльности Цзуна, чем пользуется Кван Чи. Он предлагает Императору воскресить его давно погибшую королеву Синдел на Земле, благодаря чему миры начинают сливаться. Таким образом, души погибающих борцов-защитников Земли попадают в руки Шао Кана. Рейден вновь собирает обновлённый отряд бойцов для противостояния захватчикам. Воинам удаётся ослабить силы Внешнего Мира и остановить поглощение душ. Однако в склепе, бывшем их основной базой, на них нападают многочисленные киборги Лин Куей. За небольшое время до этого Рейден и Лю Кан отправляются к Старшим Богам за советом, но не получают его. К их возращению все воины Земли уже избиты или убиты Синдел, усиленной душой Шан Цуна. Саму же Синдел убивает ценой своей жизни Ночной Волк.
Лю Кан, Соня и Джонни Кейдж, выжившие при атаке, отправляются на бой с Шао Каном. Рейден решается на отчаянный шаг: попросить помощи у Куан Чи и отправляется в его логово. Маг натравливает на Рейдена призраков воинов Земли, убитых во время боя с Синдел, чьи души находятся в распоряжении колдуна. Победив их, Рейден получает ответ: высказывание «Он должен победить!» относится к Шао Кану, так как только когда Кан будет близок к победе, Боги остановят его за нарушение своих законов о честной «турнирной» войне между мирами.
Рейден добирается до портала на крыше одного из зданий, где Кан проходит процесс перехода в наш мир. Лю Кан уже не верит Рейдену и хочет сам победить Императора. Рейден вынужден оказать ему сопротивление. Во время битвы Лю Кан использует огненный кулак против молнии Рейдена, что убивает чемпиона предыдущих двух турниров. В это время прибывает Император. Соня и Джонни пытаются оказать ему сопротивление, но тот просто раскидывает и так измученных бойцов. Повторяется сцена из начала игры, где Кан избивает Рейдена и готовится произвести Fatality. Но, как только Император заносит молот для удара, Старшие Боги дают Рейдену силы для победы над нарушителем правил Смертельной Битвы. Рейден сражается с Императором и побеждает. Используя силы Старших Богов, Рейден окончательно изгоняет его из нашего мира. Рейден, Соня Блейд и Джонни Кейдж телепортируются в безопасное место вместе с телом Лю Кана. В этот момент появляется Куан Чи, поднимающий шлем Кана и общающийся с находящимся в заточении падшим богом Шинноком. Выясняется, что события первых трёх турниров отчасти были планами колдуна и падшего бога по захвату миров. Шиннок говорит, что уже набирается силы, чтобы избавится от заточения и сокрушить и Земное Царство, и Внешний Мир.