Начать игру нам придется под управлением Женщины-Кошки, а не Бэтмена, как могло бы показаться. Разбираемся с людьми Двуликого, после чего взламываем сейф, где весь наш успех прерывает заявившийся Харви.

Пингвин жаждет мести с Уэйном, т.е. с Бэтменом, поэтому похищает его прямо на мероприятии по закрытию Аркхэма-Сити. Придя в себя в темном помещении, перед нашим носом начинает мельтешить местный доктор Хьюго Стрейндж, который, видимо, желает заполучить власть над всем городом. Недолго думая, раскачиваемся на стуле и освобождаемся от повязок. Заявившегося солдата оглушаем контрударом, после чего другой солдат выкинет нас на площадку к другим заключенным. Встаем в очередь «А» и проходим в лифт. Поднявшись наверх, выносим заключенных, после чего помогаем Джеку Райдеру встать на ноги. В это время заявится сам Пингвин. После беседы с ним, наносим ему контрудар в момент, когда тот начнет замахиваться. Разбираемся с его людьми и поднимаемся на крышу по лесенке, взобраться на которую можно по контейнеру с мусором. Теперь нужно сменить засаленный костюм на фирменную экипировку Бэтмена. Прыгаем на соседнее здание с неоновой вывеской и, пробираясь по уступам, попадаем на крышу. Экипировавшись, взламываем закодированный радиосигнал, обозначенный оранжевым кругом. Нужно спасти Женщину-Кошку от Двуликого. Летим к зданию суда, разбираемся с охраной и проникаем внутрь. Бесшумно обезвреживаем противника с оружием, после чего спрыгиваем вниз и приступаем к мордобою с весьма сильно убывшей публикой.

Селина спасена, нужно обследовать это место на наличие улик. Сканируем стекло, в которое стрелял Джокер, а так же дырку в полу от пули. Судя по траектории полета пули, стрелок находился в церкви неподалеку, — следуем туда. Внутри встречаем Куинн, которая бежит нам навстречу, чтобы поприветствовать, судя по всему. Выставляем кулак вперед, после чего та обидится и покинет помещение. Но ее вооруженные громилы, что стоят впереди, не дадут нам пройти. Кидаем дымовую шашку и поднимаемся на горгулью вверху. Использовав режим Детектива, пролетаем на последний уступ вдали, бесшумно спрыгиваем вниз и совершаем двойной контрудар. Осталось двое громил с заложниками. Одного душим ногами, повиснув на лесах, второго вырубаем, пробив деревянную стенку. Заложники освобождены, теперь нужно обследовать место выстрела, то бишь колокольню. Открываем дверь справа от главного входа и поднимаемся вверх. Просканировав снайперскую винтовку, смотрим видеозапись от Джокера, после чего выпрыгиваем в окно, спасаясь от бомбы.

Нужно найти Джокера, чтобы допросить его о том, что он знает о Протоколе-10. Искать его логово придется по радиосигналу. Если сигнал четкий и обозначается более ветвисто, то мы идем в верном направлении. Так же в этом поможет указанное расстояние до цели. Добираемся до башни, откуда связываемся с Альфредом. Чтобы попасть на завод, придется прыгнуть в дымоход, который находится тут же по соседству.

Спрыгиваем с веревки вперед на площадку. Скользим под бетоном, переползаем трубы. Чтобы не сгореть на углях, берем бэткоготь и, с его помощью, открывает люк впереди. Спрыгиваем вниз, по уступу переползаем над расплавленным железом. Залезаем на перила, откуда перепрыгиваем на другие такие же. Будучи в тупике, наносим на пол взрывчатый гель и спускаемся вниз. Достаем бэтаранг и запускаем его в красную кнопку над трубой, откуда исходят горячие пары воздуха. Залезаем в узкий проход и видим несостоявшуюся казнь доктора. Когда все заключенные убегут, под решеткой проползаем под оставшимися клоунами и, не вступая с ними в контакт, пролезаем дальше. Чтобы убрать пар, мешающий нам пройти далее, в режиме детектива идем вдоль трубы и с помощью быстрого бэтаранга отключаем сразу три переключателя одновременно. Теперь можно со спокойной душой пройти мимо злосчастной трубы, чтобы обрушиться на головы слуг Джокера. Разобравшись с ними, открываем карту местности и следуем к конвейеру. Использовав режим Детектива, ищем другой путь. Для этого следуем по конвейеру, где открываем дверь с помощью кнопки находящейся здесь же. Бесшумно устраняем клоунов и прыгаем в следующее помещение через окно. Устраняем остальных вооруженных бандитов, после чего освобождаем доктора Стейси. Забираем новое оружие и продолжаем держать путь к Джокеру.

Возвращаемся обратно в погрузочный цех, но, запаянная людьми Куинн дверь, не выпустит нас отсюда. Слева от нее есть другая дверь, открыть которую можно с помощью дистанционного электрозаряда. За ней открываем точно таким же способом следующую дверь и выходим к конвейеру. Через вентиляцию выходим к четырем клоунам и раскидываем их. Следуем на площадку, где встречаем Куинн. Когда та убежит к весьма побитому титаном Джокеру — достаем электрозаряд и используем его на генератор, который находится напротив вывески. Раскачивая тем самым кран, сносим вывеску и забираемся наверх. Оттуда нас скинет своей чугунной ногой однорукий накачанный клоун. Парализуем его электрозарядом, чтобы тот, размахивая своей кувалдой, нанес клоунам неслабый урон, тем самым не заставляя нас сильно напрягаться. Когда все клоуны будут на полу, добиваем здоровяка и забираемся наверх, где Джокер устроил ловушку для Бэтмена.

Теперь нам придется снова играть за Селину. Отправляемся на ее квартиру, чтобы забрать кое-какие вещи. Добираемся до крыши, открываем решетку, раскидываем непрошенных гостей и забираем предметы. Теперь, когда мы во всеоружии, направляемся к Плющу. Уничтожаем ее бой-френдов, постепенно поднимаясь по уровням все выше, чтобы не задохнуться в ее ядовитом облаке.

Тем временем Джокер отравил Бэтмена и требует лекарство, чтобы спасти и себя. Так же лекарство нужно и самому Бэтмену, поэтому придется разыскать Фриза. Он находится в здании полиции, самой холодной точки Готэма, что на берегу залива. У входа вырубаем двух клоунов и, с помощью электрозаряда, наполовину открываем дверь. Скольжением пролетаем внутрь, забираем у трупа чип и расшифровываем радиосигнал Пингвина. Заходим внутрь и скрытно оглушаем четырех людей Пингвина. Оставшегося пятого бойца допрашиваем, после чего пытаемся выбраться из западни. Для этого проползаем к панели и взламываем ее с помощью шифровального секвенатора. Получится слово «Анатомия». Выходим обратно в Готэм через выход и направляемся к музею. У входа разбираемся с охраной и взламываем панель, пароль от которой «Окаменелость». Проникнув внутрь и научившись уклоняться от ножей, прыгаем в правое окно и пытаемся взломать консоль от датчиков движения, что закрывают решетку впереди. Безуспешно, нам мешают военные глушилки, придется их уничтожить. Первая находится на крыше музея, вторая чуть севернее на крыше. Последняя третья располагается в метро. Направляемся на место и разбираемся с охраной снаружи. Проникаем внутрь и одновременно оглушаем двух бойцов. Спускаемся вниз и выходим в старые тоннели метро. Скользим по вагону, взрываем стену из досок, раскидываем трех бандитов. Далее здесь же открываем дверь с помощью электрозаряда и проскальзываем внутрь. Уничтожаем вооруженных бойцов и разделываемся с последней глушилкой. По тому же пути возвращаемся обратно в музей.

Взламываем по новой консоль и получаем пароль «Динозавр». Проходим далее и высвобождаем заключенного. Оказывается это один из копов, которые сюда прибыли по заданию. Однако они все в плену, придется их вызволить вместе с Фризом. Спускаемся ниже и проходим в дверь. Чтобы поднять решетку, используем управляемый бэтаранг на кнопку. Проходим вперед и выходим на арену, где Пингвин спустит на нас просто огромную толпу заключенных. Чтобы спастись от этой жадной до плоти Бэтмена толпы, стреляем электрозарядом по вооруженным людям, чтобы те в параличе колотили своих же соратников. Когда против нас вылезет накачанный титаном бандит, уворачиваемся от его тарана, оглушаем и запрыгиваем ему на горб. Уничтожаем остальных заключенных и самого громилу. Чтобы пройти далее, используем управляемый бэтаранг на кнопку слева, что за проволокой под напряжением. Взламываем панель, пароль «Ярский». Залезаем в лифт, поднимаемся, наносим взрывчатый гель на потолок, спускаемся, подрываем и снова поднимаемся. Взрываем бетонную и ледяную стены. Выйдя в большой зал, видим, как Пингвин заморозил полицейского. Спасаем его, осторожно пробираясь по льду. Добираемся до подвешенного плота и, с помощью бэткогтя, спускаем его на воду, после чего спасаем двух другим замороженных копов. Теперь осталось спасти еще пятерых полицейских, местоположение которых обозначено на карте. Для начала отправимся к оружейную, где спасаем трех полицейских. Здесь же находится и костюм Фриза, но самого его не видать. Направляемся обратно на лед, и идем уже в другое помещение, что напротив предыдущего. Чтобы пройти к трем дразнящимся бандитам, взламываем консоль с паролем «Рептилия». Установив им фонари под глазами, проходим вперед и находим Фриза. Справа от него есть неукрепленная стена, мажем на нее гелем, как вдруг к нам заваливается громила. Разобравшись с ним, проходим вперед и высвобождаем Фриза, взломав пароль «Микроволна». Теперь нужно вернуться к костюму обратно и забрать модуль. Получив деструктор ледяной пушки, направляемся к Пингвину. Подбегаем к нему в упор и используем деструктор, после чего прописываем знатный лещ злодею. Но, на нашу голову сваливается Соломон. Чтобы его победить, с помощью геля взрываем три источника энергии три раза подряд, пока не победим эту ходячую машину для убийства. Далее, уворачиваясь от ракет, подбираемся к Пингвину и вырубаем его.

В режиме детектива сканируем кровь ниндзя и, следуя по следам, выходим на улицу. Кровь нас выведет на крышу здания, где мы обнаруживаем бинты. Сканируем их и натыкаемся на того ассасина. Преследуем ее, и, когда догоним, наносим контратаку и прицепляем на ее спину жучок. В это время к нам заявится Робин, который даст в подарок тросомет. Облюбовав сей полезный гаджет, направляемся за сигналом жучка. Он приведет нас к острову Джокера. Разбив четырех клоунов у входа в канализацию, парируем вниз и следуем по тоннелям. Добравшись до обрыва в воду, достаем тросомет и стреляем из него в другой конец прохода. Но, нам нужно повернуть налево, поэтому, когда будем на развилке, перестреливаем его в другую сторону и тем самым добираемся до нужного нам места. Доходим до настенного здорового люка, внизу которого проламываем пол. Разобравшись с людьми Джокера, взламываем консоль – «Транспорт». Через открывшиеся ворота выходим в старое знакомое метро. Поворачиваем направо, заходим в дверь и идем налево, где перелетаем воду с помощью тросомета.

Выбравшись на обрушенные улицы, Бэтмену станет не по себе все из-за того же яда Джокера. Придя в себя, перелетаем пропасть и разделываемся с клоунами. Выходим в зал с чудо-машиной, где спасаем доктора. Спускаемся вниз и проходим в дверь, где Бэтмену станет снова не по себе. Чтобы открыть ворота пользуемся электрозарядом. Встретив трех ниндзя, разделываемся с ними и, точно так же как и в прошлые разы, открываем ворота. Выходим к огромным запечатанным воротам. Просто так их не открыть, нужно найти другой способ попасть внутрь. К счастью рядом лежит робот, который можно просканировать, чтобы получить видеоданные. Но опять же, к сожалению, в его голове содержится не вся информации, нужно найти остальных роботов. Один находится позади нас, два других в витринах друг напротив друга. Четвертый расположился слева от запечатанных ворот в доме на втором этаже. Оттуда же стреляем тросометом в окно со стеклом, пролетаем внутрь, огибаем здание, разбиваем второе стекло и сканируем пятого робота. Остался последний, он находится напротив этого дома на крыше со сломанными четырьмя стенками. Посмотрев видеозапись, узнаем тайный вход в логово ниндзя. Подходим к данному месту, наносим контрудар ассасину и используем его меч, чтобы проникнуть внутрь.

Поднявшись наверх через люк, Бэтмену станет совсем худо, вплоть до галлюцинаций. К счастью нас встречает Таллия, которая готова принять нас в свои ряды. Для этого нужно пройти испытания. Идем за бывшей подругой и пьем из чаши. Впереди виднеется большая ледяная глыба – летим до нее, используя пикирование, чтобы набрать высоту. Точно так же добираемся до следующей глыбы, на которой разбиваем двух песочных ниндзя. Пикируем в портал, который перенесет нас в другое место. Снова добираемся до ледяной глыбы, и так до самого портала. Теперь нужно найти самого Ра’cа. Поднимаемся наверх к Талии. Проходим с ней внутрь и встречаем ее отца. Пришло время сразиться с 600 летним стариком. Для начала разбираемся с его песочной армией. Далее, уворачиваясь от метательных звездочек и лезвий, стреляем в Ра’са электрозарядом. После наносим контрудар и повторяем операцию с электрозарядом. Делаем это до тех пор, пока старик не возьмет в заложники свою дочь, Талию. Выбираем обратный бэтаранг и спасаем беднягу.

Выбираемся обратно на улицы по обратному пути через метро. Обходим ворота по вентиляции и первым делом вырубаем бронированного клоуна. Разделываемся с остальными и взламываем консоль – «Отделение». Выбравшись под небо, отправляемся к похищенному мэру. Раскидав его похитителей, помогаем мэру подняться и похищаем его сами. Допросив подлеца, направляемся к Фризу, чтобы передать ему кровь Ра’са. Зелье лечения готово, но прежде чем его хлебнуть, Фриз требует вернуть ему его жену. Но, микстуру испить нужно сейчас же, поэтому вступаем в битву с ученым. Чтобы его победить, рукопашного боя недостаточно, нужно применять множество следующих атак: подрывание стен, использование электромагнита, использование электричества на разлитую лужу с водой, применение деструктора, использование тросомета, подкрадывание сзади, захват с уступа, заманивание под площадку и атака сверху, планирование сзади, атака снизу, прыжок через окно и прыжок сверху. Когда Фриз будет побежден, открываем сейф и обнаруживаем отсутствие лекарства. Нужно отобрать его у Джокера, Виктор в этом нам поможет.

Выбираемся на улицу через другой выход. Чтобы горячий пар не был для нас проблемой, затыкаем трубы ледяным ударом. Выйдя на улицу, видим падение вертолета с журналисткой на борту по имени Вики Вэйл. Направляемся к месту падения, избавляемся от снайперов и спасаем Вики. Теперь пора направится к Джокеру. Через старый вход, трубу, не попасть, из нее буквально вываливается пламя. Направляемся к другому входу, где обязательно избавляемся от охраны. Проникнув внутрь, избавляемся от трех клоунов и спрыгиваем к воде. С помощью ледяного удара создаем плот и плывем по течению, выруливая с помощью бэткогтя. Через вентиляцию проползаем чуть вперед и планируем на клоуна через окно. Проходим далее и, обезвредив двух допросчиков, не спасаем человека двуликого, т.к. тот вместо «спасибо» огреет сзади кулаком. Проламываем стену, создаем плот и проплываем под стеной. Далее отплываем направо и перелетаем на другую сторону с помощью тросомета, т.к. плот застрянет. Ледяным ударом затыкаем трубы. Добравшись до стальной двери, замечаем, что рубильник от нее находится слева от нас за решеткой. Достаем управляемый бэтаранг, запускаем его в электричество, после чего перенаправляем его в щиток. Создаем ледяной плот, плывем по течению. Справа от нас под потолком есть уступ, забираемся туда. Взломав консоль с паролем «Романсионис», разворачиваемся и проходим по мосту. Подойдя к двери, получаем стальной трубой по носу. Это доктор, все в порядке. Открываем дверь и попадаем в знакомое помещение. Разбираемся с его обитателями и проходим в следующее с множеством мин. Обходя их, уничтожаем снайпера и обнаруживаем наверху связанную Куинн. Проходим далее, скидываем с уступа двух снайперов, так же обезвреживаем трех клоунов и идем к Джокеру наверх. Сейчас предстоит далеко не легкая битва: множество клоунов, однорукий, накачанный титаном клоун и сам Джокер. Для начала избавляемся от клоунов, стреляя в однорукого электрозарядом, чтобы тот раскидал их своей кувалдой. Далее избавляемся от однорукого, методом оглушения. Точно так же поступаем и с накачанным клоуном. Теперь же осталось добить Джокера.

Пока Бэтмен приходит в себя, у нас появляется новый эпизод из жизни женщины-кошки. Нужно добраться до склада-конфиската. Добегаем до канализационного люка и спускаемся вниз. Для взлома системы безопасности нам потребуются три ключа у бойцов Тайгер. Шуметь запрещено, поэтому действовать придется максимально скрытно. Для этого прыгаем на потолок и крадем три ключа у любых трех бойцов. Возвращаемся обратно к компьютеру и взламываем хранилище. Но бойцы Тайгера не лишены мозгов, как люди Пингвина. Скрытно снимаем каждого солдата и заходим в хранилище. Разбираемся с подкреплением и забираем дипломаты. Когда выйдем из хранилища, у нас появятся два пути: спасти Бэтмена или уйти с добычей. Чтобы потом нас не мучила наша же совесть, идем налево и, бросив чемоданы, спешим к Бэтмену.
Тем временем Протокол-10 скоро вступит в силу, нужно немедленно его остановить. Сперва нужно просканировать вертолеты на программу общего управления. Сканируем все вертолеты, пока не найдем основную программу. Цепляемся на вертолет и скачиваем данные. Теперь пора идти к чудо-башне. Прибыв на место, скидываем двух снайперов и взламываем панель – «Вдохновляя». Проходим вперед, открывая двери электрозарядом, пока не упремся в заключенных и бойцов Тайгера. Послушав нотации Стрейнджа, раскидываем всех бойцов и спускаемся в канализационный люк. С помощью тросомета добираемся до комнаты с часами, где подрываем пол. Встречаем доктора. Разобравшись с охраной у основания башни, взламываем лифт снаружи и внутри – «Навязчивый», «Медикамент». Поднявшись на самый верх, вылезаем из лифта через люк наверху. Через стекло наносим решающий удар и добиваем остальных врагов. Вскрываем ворота – «Бронирование». Продвигаемся вперед по антенне, с ее конца крюком поднимаемся на следующую точку, что выше. Так продолжаем подниматься по балкам все выше и выше. Взламываем консоль – «Поддержание». Поднимаемся в открывшийся люк, где залезаем в вентиляцию. Выбираемся к шестерым вооруженным бойцам, обезвредив которых, взламываем панель к Стрейнджу – «Защита Готэма». Отключаем Протокол-10 и приступаем к поиску Джокера.

Он находится в театре, по периметру которого расположились снайперы. По-тихому разделываемся с ними и проникаем внутрь. Оказывается, Джокер был не настоящим, его роль заменял Глиноликий. Сам же Джокер совсем не здоров и все так же болен. Но с Глиноликим придется все же разобраться. Уворачиваясь от его ударов, закидываем его ледяным ударом, пока тот полностью не окаменеет. Подбегаем в упор, достаем меч и месим глину. Так же можно заманивать его в углы с динамитом, чтобы нанести максимум урона. Делать это нужно, когда тот превратится в шар. Сменив декорацию, сражаемся с глиняным войском, переключаясь на Глиноликого. Отбираем у него лекарство и исцеляемся от яда.

Но история еще не завершена. Переключившись на Селину, направляемся к ее дому за вещами. Внутри нас ждет сюрприз в виде заложенной бомбы. Оказывается, вещи украл Двуликий, направляемся к нему в музей, где расправившись с огромной толпой его людей, забираем то, зачем мы пришли.