В Дебиане есть ряд отличных утилит, которые позволяют бороться с руткаитами, одна из них: rkhunter

Ставится следующим образом:

apt-get install rkhunter -y

На CentOS:

yum -y install rkhunter

А запускается так:

    rkhunter --update # обновление базы руткитов
    rkhunter --check

Еще одна тулза для борьбы с руткитами зовется chkrootkit

Ставится так:

apt-get install -y chkrootkit

На CentOS:

yum -y install chkrootkit

А запускать так:

chkrootkit

Также есть отличная тулза для комплексного аудита безопасности: tiger

Ставить так:

apt-get install -y tiger

Запускать так:

tiger