Во второй части Экко вас ждут не менее сложные и увлекательные подводные лабиринты. Ecco отправляется в будущее, где необходимо устранить опасность, грозящую нормальному ходу времени. В процессе игры, дельфина с помощь магических кристаллов можно превратить в чайку, в акулу или медузу - эти превращения нужны для преодоления различных препятствий в игре. Этапы игры динамичны и разнообразны по поставленным перед дельфином задачам. Кроме того, в ходе игры Экко побывает несвойственной среде для дельфина - на космическом корабле.